1、innodb支持事务，而myisam不支持事务。
2、innodb支持外键，而myisam不支持外键。
3、innodb是行锁，而myisam是表锁（每次更新增加删除都会锁住表）。
4、innodb和myisam的索引都是基于b+树，但他们具体实现不一样，innodb的b+树的叶子节点是存放数据的，myisam的b+树的叶子节点是存放指针的。
5、innodb是聚簇索引，必须要有主键，一定会基于主键查询，但是辅助索引就会查询两次，myisam是非聚簇索引，索引和数据是分离的，索引里保存的是数据地址的指针，主键索引和辅助索引是分开的。
6、innodb不存储表的行数，所以select count( * )的时候会全表查询，而myisam会存放表的行数，select count(*）的时候会查的很快。

总结:mysql默认使用innodb，如果要用事务和外键就使用innodb，如果这张表只用来查询，可以用myisam。如果更新删除增加频繁就使用innodb。